Ein „Molekül“ ist immer der Ausgangspunkt einer Geometrie, auf der dann real gerechnet wird.

Ein Molekül hat immer einen möglichst sprechenden Namen. Gibt es zu einem Molekül einen realen (physisch vorhandenen) Batch, aus dem dann Proben entstanden sind, die in der Regel auch vermessen wurden, kann die ID des betreffenden Batches zusätzlich optional eingetragen werden.