Eine Geometrie ist die Struktur (Koordinaten), auf der am Ende real gerechnet wird. Jede Geometrie gehört zu einem Molekül. Eine Geometrieoptimierung wird auf einer Ausgangsgeometrie ausgeführt, führt dann ihrerseits aber wieder zu einer neuen Geometrie, die entsprechend hier abgelegt wird.

Geometrien werden fortlaufend durchnummeriert, unabhängig von den Molekülen, zu denen sie gehören.

Unter „Molekuel“ die Nummer des zugehörigen Moleküls eintragen, unter „Bezeichnung“ eine jeweils möglichst treffende (und eindeutige) Bezeichnung, die sinnvollerweise Informationen über Konformationen (z.B. „cis-cis“) ebenso beinhaltet wie die Spinmultiplizität (Singulett, Dublett, Triplett) und ggf. eine durchgeführte Geometrieoptimierung.