Wichtig: Die Begrifflichkeiten „Molekül“ und „Geometrie“ sind auf den ersten Blick nicht unbedingt zugänglich. Deshalb hier eine Faustregel:
Molekül
Chemische Struktur ohne Berücksichtigung von Konformationen etc.
Zu jedem Molekül gibt es mindestens eine Geometrie.
Geometrie
Die Struktur (Koordinaten), auf der am Ende real gerechnet wird.
Jede Geometrie gehört zu einem Molekül.
Zu jedem Molekül gibt es jeweils mindestens eine Geometrie, und nur auf den Geometrien wird tatsächlich gerechnet. Umgekehrt gehört jede Geometrie (also die Struktur, auf der gerechnet wurde) zu einem Molekül.
Eine Geometrieoptimierung wird auf einer Ausgangsgeometrie ausgeführt, führt dann ihrerseits aber wieder zu einer neuen Geometrie, die entsprechend abgelegt wird.